今年の有明海海苔の異常不作について、雲仙市の瑞穂漁協の室田副組合長は、諫早湾干拓地の排水門から大量に排水された排水が、海苔の海での種付期に当たる10月からこれまでに３７回開門排水され、海苔の芽が定着せず、また色落ちしたりしている原因だとしている。
有明海沿岸の海苔養殖場では、海苔養殖網に白い粒子状の物質が絡みつき、海苔が壊滅する被害が拡がっている。原因はまだ、明らかにはなっていないが、諫早湾の潮受け堤防から、大量に排水された排水も大きな原因ではないかと見られている。