京大には、機材を発注する際、必要な性能を決める委員会があり、７件のうち少なくとも５件で元教授が委員を務めていた。ただ、大学では委員会の委員になったとしても入札価格は事務方が決めるため、委員が金額を知ることは、通常はあり得ないと説明している。
今後の対応について大学では、大学と学部に作った調査委員会で元教授が関わった、すべてのプロジェクトなどの伝票などを調べて、不正がなかったか８月末までに調査する方針。

一方、「預け金」「プール金」については、文科省への報告では「なし」としているが、
大学の全教職員と退職者など１万人に対して、それに取引業者について、改めて調査を行っているという。

また、辻本元教授は、７年前にメド城取の木口社長からクレジットカードを渡され、これまでに約３００回にわたって飲食や家電製品購入の支払い約６００万円あまりを使用していたという。

辻本元教授は、物品の架空発注などをして研究費を不正にプールする「預け金」の管理を木口社長に任せていて、特捜部の調べに対し「カードの代金は預け金から支払われていると思っていた」などと供述して賄賂の認識を否定しているという。

しかし、預け金だとしても、本来預け金の所有権は、京大や以前勤めていた国立成育医療研究センター（国立病院、東京都世田谷区大蔵2-10-1）にあり、公金を私的に流用すれば横領罪となる。しかも「預け金」がいつ発生したものかも今後の重要なポイントとなる。

また、メド城取が民事再生を申請したときの債権者一覧表には、国立成育医療研究センターが３億７９百万円の債権者として登場している。しかし、国立成育医療研究センターでは、そんな債権は以前から全くなく、寝耳に水としており、今後の捜査の進展が待たれる（国立成育医療研究センターも文科省の調査対象、同病院では、「預け金」も「プール金」もないとした報告書を提出したと同病院関係者は述べている）。

京大時代の預け金も国立成育医療研究センターの分に包含されていると思われるが、それを立証できなければ、国立成育医療研究センター分として時効扱いになる可能性すらある。

京大は、機器の入札において、事務方しか予定価格を知らないとしている。もしかすると辻本豪三元教授から、飲み食いに誘われ、予定価格が事前に漏れていた可能性もある。
そうだとすれば、不正競争防止法違反の疑いで事務方にも問題が広がる可能性もある。

更に、京大では、辻本豪三元教授関連分の医療機器入札では、メド城取の１社入札が続けられていたとされる。ならば、医療機器メーカーや医療機器商社の談合の疑いも出てくる。

ただ、逮捕された３人が口を割らない限り、難しい案件でもある。国立成育医療研究センターの３億７９百万円「預け金」問題もあり、今後とも広がりを見せてくるものと思われる。

＜その他＞
経費の架空計上が疑われているのは「国際受容体・シグナリング・薬物作用シンポジウム」と題された国際学会。当学会は昨年４月1・２日に開催され、経費総額は８２７万円と記載されているという。内訳は人件費が３６６万円、事務費が１２４万円、通信・運搬費が８６万円など。うち少なくとも人件費の一部が、実際には支払われず使途不明金が発生しているという。

辻本豪三元教授は、０９年８月～１１年８月に私的海外旅行に計３回行き、代金計１４６万円をメド城取が支払っていたという。

元教授による０４〜１１年度の業者との取引状況の全容は、元教授は１８６業者・個人と金銭を含めた取引をしていたが、取引件数の約４割、金額ベースでは５割以上が、「預け金」をしていたとされるメド城取に集中。辻本豪三元教授の研究室やセンター長を務めていた最先端創薬研究センターは、全１万１,７９６件の物品購入のうち約４割に当たる４,７１３件についてメド城取と契約。金額では、総額９億７,１７５万円のうち４億９,７０２万円、５１％を同社が占めていたという。

＜時空を越えた世田谷トライアングル＞
メド城取の本社地は、東京都世田谷区赤堤３－３－４
2002年まで務めた国立成育医療研究センターの所在地は、東京都世田谷区大蔵2-10-1
辻本豪三元教授の自宅は、世田谷区（以前勤務の国立成育医療研究センターの関係）

（辻本豪三元教授は、北大医学部卒、1991年「国立小児病院・ 小児医療研究センター」（現 国立成育医療研究センター）に着任、ゲノム創薬の第一人者に登り詰め、薬剤治療研究部長であった2002年、京都大学から教授として招聘された）