国内の一級河川で、最も水質が良好な河川は、尻別川（北海道）、後志利別川（北海道）、鵡川（北海道）、沙流川（北海道）、荒川（福島、阿武隈川水系）、黒部川（富山）、安倍川（静岡）、宮川（三重）、北川（福井）、高津川（島根）、川辺川（熊本）、五ヶ瀬川（宮崎）の全１２河川であった。宮川と川辺川は６年連続、尻別川、後志利別川、沙流川は３年連続、荒川（阿武隈川水系）、安倍川、高津川は２年連続、鵡川と黒部川は２年ぶり、北川と五ヶ瀬川は初めて最も水質が良好な河川となった。

人の手が入っていない河川並の水質とされるBOD（＝生物化学的酸素要求量）平均値1.0mg/ℓ未満の河川は、平成23年において８５河川であり、順位付け対象河川（１６４河川）の５２％を占めている。