判決で、熊本地方裁判所の中村心裁判長は、「町長は、会社が２回目の交付金を受けた時点では、金融機関からの融資を受けられない状態とわかっていたはずだ」と指摘した。
そのうえで、「会社に対する調査や検討は極めて軽率で、裁量権を逸脱している」などとして、２回目の交付金の額にあたる９２００万円余りを町長に支払わせるよう命じた。

判決について御船町の山本孝二町長は、「予想もしないような結果でたいへん驚いている。今後の対応については判決文を精査し、控訴を視野に入れて弁護士と検討したい」とコメントを出した。
判決のあと住民側は記者会見を開き、吉井博原告団長が「地方自治体の首長の法的責任を断じた画期的な判決だ」と話した。
また、弁護団を代表して板井俊介弁護士も「地方自治体の首長と言えども公金を扱うときは、民間企業と同じような厳正な感覚で取り組むよう述べた点で画期的だ」と述べている。
以上、

当事業会社の御船竹資源開発（株）（熊本市東区小峯２－６－６４、代表：園田紘輝）は２０１４年７月３日、熊本地方裁判所において、破産手続きの開始決定を受けた。破産管財人には、弁護士法人大和が選任されている。
こうした、補助金事業には政治ブローカーが暗躍し、補助金のかなりの部分をコンサル代やいろいろな名目で取っているのが実情。御船竹資源開発に渡った３億円についても、精査する必要があろう。いろいろな方々に金が流れた可能性もある。

毎日新聞、２０１４年７月５日記事
熊本地裁は判決により２０１１年４月、(船竹資源開発（株）に対して)３億円の交付金の全額返還を命じたが、(７月3日)破産したことによって返還される可能性は極めて厳しくなった。
御船町は０８年３月、県内有数の広さを有する竹林の有効活用を目指し、バイオマスタウン構想を策定。
同年１０月、町内で竹バイオマスに関する講演活動などをしていた男性のが御船竹資源開発（株）（熊本市東区小峯２－６－６４、代表：園田紘輝）を設立し、０９年４月に町を通じて交付金約３億円を受け取ったという。
しかし、同社は自己資金を調達できず事業化に失敗。このため町は事業継続を断念し、１１年１月、同社に代わって交付金の3億円の全額を国に返還していた。同社は町からの返還要請に応じていない。
当事業を巡り、町監査委員は２０１１年４月、肩代わりした約３億円は不正支出などとして、山本孝二町長(2007年から町長)に、町への返還を勧告するなど混乱が続いている。

一方、熊本県警御船署は２０１２年４月、交付金のうち約１５００万円を自己の生活費などに充てたとして男性を補助金適正化法違反容疑で書類送検した。
熊本地検は、いったんは不起訴処分（起訴猶予）にしたが、熊本検察審査会は不起訴不当と議決。熊本区検は同年８月、約１０００万円分について同法違反罪で熊本簡裁に略式起訴している。
以上、
単に御船の山本孝二町長が詐欺にあっただけの話か?

当裁判、財政厳しい中でも補助金を一番乱発する農水省、しかし、ここまで報道されれば、地方公共団体として総務省も管轄し、町長に対して援護はしないかもしれない。控訴すれば、少しは減額されるかもしれないが、肩代わり支払いにつき、議会手続きはどうなっているのかだろうか。町監査委員の町長に3億円の返還を勧告している。