しかし、大阪府豊中市の旧国有地で目指していた小学校の建設用地が、超安価な払い下げの問題を抱え、同法人の小学校建設にかかわる補助金の不正申請なども発覚、開設を３月に断念、多額の負債を抱えていた。同法が適用されれば、学園の経営陣はそのまま残り、塚本幼稚園（大阪市淀川区）の事業運営を継続しながら再建計画を進めることになるが、日本会議関係者しだいでは破産に移行する可能性もある。

３月１２日には、財務省が更地の土地返還を求める方針を発表している。また、３月２１日には国土交通省が小学校校舎に関する補助金交付の取消しを決定し、給付済みの５６５０万円を３０日までに返還するよう命じていた。大阪府や大阪市も各種補助金の返還を求めている。

大阪府の松井一郎知事は「学園が今後についてどういう手法をとるのかは把握していない」と府庁で記者団に説明している。

籠池グループは、森友学園前理事長の籠池康博氏が理事長で、「髙等森友学園保育園」を運営する社会福祉法人肇國舎（大阪市淀川区塚本４－７－８）と南港さくら幼稚園(現在休園中）の経営の（学）籠池学園（旧、学校法人南港桜学園、大阪市住之江区南港中５－１－６、理事長：籠池康博）がある。

小学校を建設した工務店の藤原工業は、建設代金１５億円のうち支払期限到来の約４億円について支払いが受けられず、学校法人などの不動産を仮差し押さえしているが、どうなることやら。

以上、

後は日本会議の出方しだいだろう。ただ、日本会議にとっては、日本会議メンバーの政権が「教育勅語を学校に導入しても問題はない」とする見解を発表し、大きな力を得ており、日本会議は今後、総力を挙げ、籠池潰しに入るものと見られる。

ただ、籠池氏の反撃材料の金の玉はまだあるはずだ。その隠し玉が金の玉なら、民事再生で再建される可能性もあるが、商品価値がなければ潰される可能性が高い。

今後、森友学園が再建計画を立て、債権者の半分以上がその計画に同意すれば再建へ向け動き出すが、同意しなければ、破産へ移行するのが民事再生法ということで、日本会議しだいとなる。