その後、造船の田中産業（株）（大分市）のグループ会社となったものの、田中産業グループが、昭和６２年１月、負債額約２００億円を抱え和議申請。平成２年４月に三井造船（株）（現、三井Ｅ＆Ｓホールディングス）および大阪商船三井船舶（株）（現、商船三井）から出資を得て立て直しされていた。

同社は、自動車運搬船、石油タンカー、ばら積み貨物船、コンテナ船などの造船し、平成２０年には３工場体制まで拡張し、平成２１年３月期には約２７５億円の売上高を計上していた。

しかし、リーマン・ショックで船舶需要は急減、円高もあり、韓国勢に残った市場もタボハゼのように食われ、経営不振に陥っていた。

主要株主の三井造船の再建策の一環で今年４月に会社分割、南日本造船の現業部門を今治造船傘下の新笠戸ドック（山口県下松市）に譲渡した。旧南日本造船は負債を抱え、社名をマーレ（株）に変更し、その後、解散を決議していた。

南日本造船は、(新) 南日本造船となり、新笠戸ドックの傘下企業として造船業を継続している。