雲仙市は、３日赤潮被害対策本部が設置、雲仙市の奥村市長は、「漁業者が絶望しないように、県と協力して支援していきたい」と述べている。
雲仙市の対策本部では、夏を迎え、水温が高い状態が続くため、赤潮はしばらくはなくならないと見ていて、今後、被害を最小限に食い止めるための対策をとりたいとしている。

赤潮の原因は、近年では栄養塩の供給側の問題に加えて、塩に対する浄化側の作用低下の一因として、護岸工事による干潟の減少が問題視されている。干潟に住むアサリなどの生物は、そこに棲む微生物やプランクトン等を餌として取り込み、海洋への栄養塩や有機物の流入を食い止めるという、いわば自然の浄化槽の役割を果たしてきた。しかし、護岸工事などにより干潟が大幅に減少し湾内の富栄養化が進行。これを一因としてプランクトンが大量発生すると考えられている。　　　
諫早湾の干拓事業においては、干拓に伴う経済的な利害関係と並び、有明海での赤潮発生との因果関係が議論されている。
こういうことは証明が殆ど不可能であるため、温暖化が原因などと原因が摩り替えられているのが実情。一昔前までは赤潮などなかった。田中角栄時代の列島改造により、護岸整備や埋め立てなど急ピッチで行われ、その後瀬戸内海を始め全国で赤潮が発生しだしたのも事実である。