ところが仕入先である全水加工連販売㈱に対して43億円の不正取引をしていたことが発覚、このままでは現在民事再生途上の博多まるきたは民事再生は難しく、破綻の道しかないような情勢となっている。
博多まるきたの北風社長は、全国水産加工業協同組合連合会（全水加工連、傘下企業数3500社）の副会長の立場を利用して、明太子の仕入を全水加工連の子会社全水加工連販売㈱を通して行い、同社に43億円（07年から昨年末までの取引）の焦げ付きを発生させていたことが判明。
全水加工連の会長は斉藤洋平氏であったが、全水加工連の子会社である全水加工連販売㈱の社長も兼務しており、その仕入について容認していたとされる。
全水加工連は1社あたりの取引上限を内規で定めており、焦げ付いた43億円の取引残高は内規の18倍に相当するデタラメ振りである。その結果全水加工連は連結で30億円の債務超過状態に陥っており、全水加工連の存在も危ういものとなっている。
斉藤会長は3月に、破綻した博多まるきたの社長である北風副会長は1月に辞任しているが、両者は会長・副会長の立場において内規を遵守する立場にありながら、利益誘導型の巨額の取引を続けていたことになる。また、同取引は通常の販売取引を越え、資金援助が目的であった疑いももたれている。
現全水加工連は、斉藤（元）会長と北風（元）副会長を特別背任容疑で刑事告訴する動きも見せており、博多まるきたは民事再生どころの騒ぎではなくなっている。
管轄省である農林水産省が事の重大さに驚き、8月18日全水加工連に対して業務改善命令を発している。