その中で、佐大の速水祐一准教授は、太良町沖のタイラギなど2枚貝類の減少は、潮流による堆積土が、干拓事業により、それまで諫早湾内に入ってきていたものが、太良町沖に堆積しており、2枚貝が生息しにくい生息環境に陥っているためだと結論付けた。
以上が発表であるが、逆に諫早湾内では堆積土の入りが少ないことにより、プランクトンなどが減少、その結果魚類も減少しているものと思われる。
開門調査に反対であった湾内漁協の瑞穂漁協が、開門調査の賛成派に回った原因で明らかなにしているように、貝類も減少、魚も以前の1/10しか取れないという現実が明らかにしている。湾内でも海底土の変化により貝類の生息環境が大きく変わり取れなくなっており、また堆積土の流入により運ばれるプランクトン等の減少により、魚類も減少している。
瑞穂漁協では、（ギロチンから3年目の）2001年のアサリの水揚量は105トン、しかし、ここ数年は8トンと1/10以下、タイラギ漁は16年連続休業、魚の水揚げも1/10しかなく、冬場のカキ養殖だけでは食べていけないとしている。
1997年4月にギロチンが下ろされ、それまでにも干拓事業の土木工事による魚介類にとっての水質悪化、魚介類の生息環境が著しく変化してきている。
金猫谷+法道は、干拓事業アリキで開門には絶対反対の立場を貫いているが、長崎県の漁民が悲鳴を上げているのも現実である。