ところが、2005年9月の小泉郵政選挙で刺客として送り込まれた西川京子に刺され、弱腰福岡自民県連も追随し落選した。その後は支援団体である日本医師会を牛耳る武見と反目、茨城県医師会から推薦を受け、2007年7月の参院選で国民新党の比例代表候補として戦い、国政に復帰した。鉄壁を誇る日本医師会に風穴を開けた人物である。当参院選では日本医師会を牛耳っていた武見は比例区での票が足りず落選している。日本医師会にとっては、前代未聞の出来事であった。
郵政大臣時代には、子供のポケモンショック(発作)を医学的立場から解明し、放送局にテレビの輝度を調整するよう指導した。自見先生、ちょっと猪突猛進型の政治家でもある。
国民新党の支持母体は特定郵便局の団体。小泉純一郎は以前から根っから郵政省潰しだけが目的の人物であった。郵政選挙で大勝した後のことは社長に指名した西川(三井住友銀行元頭取、金融監督庁から更迭された人物)が、好き勝手に日本郵政を牛耳り、郵政の資産処分に明け暮れ、オリックスとの癒着が表面化して西川は沈没したとおりである。