１３日開催された大津地方裁判所での裁判では、上記同級生側の主張に対して、遺族側と大津市側が反論。大津市の第三者委員会の報告書について、大津市などは「第三者委員会は教育委員会などから独立して調査を行っていて、信用性は極めて高い」などと主張した。
この裁判で大津市側は、問題の再調査を行った第三者委員会が、「同級生からのいじめが自殺の直接的な原因」だと結論づけたことを受けて、市の過失責任を認め、遺族側に和解を申し入れている。
この中で、遺族側は、「少年側は『世論が大津市などを厳しく批判する中で作られた報告書だ』と主張するが、市の教育委員会はそれ以前からいじめがあったことを認めている」などと主張した。また、大津市側は、「第三者委員会は教育委員会などから独立して調査を行っていて信用性は極めて高い」などと述べた。

この場に及んでも、同級生らの親は、極度といじめであったことを認めようともしない。
２０１２年７月、遺族は、いじめ３人組を、刑事告訴している。

この事件の最大のいじめは、大津市立皇子山中学校の教育放棄の教員・教頭・校長らであり、教育長であり、隠蔽し続けたままの功罪は、日本の教育現場を底なしの恐怖に陥れたことでも計り知れる。