未払いとなった０４年度以降の上納金については、翌年度の補助金で穴埋めしていくという経理操作を09年度まで繰り返していた。さらに、07年度には上納金に充てるべき補助金の中から１千万円を県高速運輸事業協同組合に流用。これらを含め03年度以降、県と全日本トラック協会の補助金などで構成する交付金会計から計２億845万６千円、一般会計などから計７千万円の合計2億7845万6千円が、21回にわたって両団体に流れていたとされる。流用資金は、両団体の運転資金（１億700万円）や借入金の返済（5883万５千万円）に充てられ、09・10年度には計1162万１千円が三ケ尻前会長の関係会社への貸付金として使用。残りの１億１００万円は帳簿や通帳に記載がなく、使途が分かっていないという。県補助金の流用分についてはすべて弁済されている。
以上の問題の発端は県に寄せられたタレこみ情報である。

2001年の記事：大分県トラック協会（会長：三ヶ尻寛・㈱ケイシーライナー社長）は、大分市郊外の大分トラックステーション（ＴＳ）内に車両整備や洗車のできる給油所の建設に着工。９月20日からサービスを開始する。施設は、（財）貨物自動車運送事業振興センター（中山修理事長）が建設、大分県トラック事業協同組合連合会が運営する。総工費は8500万円。給油所では燃料を市価より3円安く提供する予定。