同ルートは、武雄温泉―長崎間（６６キロ）をフル規格で整備し、２０２２年度に武雄温泉駅で新幹線と在来線を乗り換える方式で暫定開業する予定になっている。
ただ、時間短縮効果が限られることから、中間取りまとめでは、「乗り換え方式の恒久化はあってはならない」として、整備方式の結論を急ぐ姿勢も示した。
以上、

JR九州は今春、隠れキリシタン関係の世界遺産登録を目前に控え、博多－長崎間の在来線の特急電車を大幅減便しており、世界遺産登録された現在、２０２２年暫定開業の長崎新幹線の本数が心配されている。JR九州は世界遺産登録に完全に冷水を差した悪神対応。JR九州は挽回のために、全国規模で、隠れキリシタン遺産群のPRを大々的に実施すべきだろう。♪どんどんどん・・・。

予算規模も小さい佐賀県は、長崎新幹線の効果はほとんどなく、これ以上の負担は絶対しないとしている。
フル規格では、長崎県が佐賀県の負担増加分を負担する案や、国が適当に隠れ交付金をどちらかの県に交付し、負担する案なども出されているが、現状はこれまでの関係自治体の負担ルールに沿い、佐賀県に負担増を求めている。
佐賀県の鹿島市(祐徳稲荷神社で有名)は前市長は、新幹線そのものを１７年間も反対していたほど。最寄りの新幹線駅から遠い鹿島市の過疎化を心配していた。
当然、長崎県は全線フル規格を要望している。