2006年以降、不動産売却や給与削減などのリストラで一時的に黒字を回復したが、地域の人口減少やネット通販との競合、札幌圏への顧客流失で状況は改善しませんでした。2020年からの新型コロナウイルスの影響でさらに業績が悪化し、2021年には売上が約44億7600万円に落ち込み、7年連続で赤字に。2023年1月に百貨店を閉店し、同年11月29日の株主総会で解散、今回の措置となった。

1979年設立のふじまるビル（株）は（株）藤丸に付随する不動産賃貸・管理を行っていたが、同様に連鎖。

なお、百貨店業務の再開を目指し、2022年12月28日に新会社「藤丸（株）」が設立されている。