予算規模そのものが小さい佐賀県の負担は、現状でも今回の予算オーバーで２割以上増加することになる。
整備新幹線では、関連自治体に負担を義務付けており、負担割合も決まっている。フル規格とした場合、佐賀県の増加分をほかの方法で代替する手立ては前例を作ることになり政府もできない相談。

元々長崎新幹線はフリーゲートトレイン（ＦＧＴ）により開通予定だったが、国交省のＦＧＴ開発失敗により、博多もしくは新鳥栖駅から武雄新駅まで既存特急電車などによる既存線走行、同駅から長崎駅までフル規格の新幹線で２０２２年開通する予定。

長崎県は今後ともあくまで、フル規格を国に要請している。
ただ、フル規格の場合、長崎県の負担額はさらに大きく増加することになる。

＜長崎県と佐賀県の負担額の増加額＞
整備新幹線の建設費の負担割合は、運行するＪＲが５０％、国が３５％、地方自治体が１５％だったが、こん日では、ＪＲへの貸付料を除いた分に対して、国が２／３負担、地方自治体が１／３負担となっている。
これまでの長崎新幹線計画では、地元の実質的な長崎新幹線の負担割合は約１８．３％となり、約９１７億円、これを長崎県と佐賀県で負担する。長崎県では関連市町村にも負担を求める。
これまでの建設費用予定額５００９億円⇒今回明らかにされた予定額６２００億円
６２００億円×１８．３％（地元自治体負担率）＝１１３４億円（地元自治体負担額）

佐賀県の負担額は、今回の建設費用増加によりこれまでの負担額予定額２２５億円から４３億円増加し２６８億円となる（佐賀県公表分）。
長崎県の負担額は、これまでの負担予定額６９２億円から１７４億円増、率にして２５％増の８６６億円に跳ね上がる（ただし、佐賀県分を差し引いた負担試算額）。

心配、
ＪＲ九州は、長崎本線（博多－長崎）の特急電車を今春のダイヤ改正で何本も減便した。
長崎県などの隠れキリシタンの世界遺産登録も今夏発表されたが、ＪＲは見直し増便していない。高齢化と人口減少が続く地方にあり、新幹線開通でどれほど乗車客が増加すると試算しているのだろうか。
ＪＲ九州にしても採算を軌道に乗せようと無理して値上げすれば客は減る。競合相手に高速道バスも飛行機もある。採算に乗らなければ、国や地方に一部負担させるか、経営上、九州の地方路線がさらに減便されたり、廃止されたりする可能性も高くなる。
まだ、本格着工にほとんど入っていない北陸新幹線の金沢-京都－大阪までの延長工事もまったく同じことがいえる。あったら便利はいずれ首を絞めることになる。