報告書は原因について、再三の運航停止で、営業部門に顧客対応などでさらなる負担を強いることを回避したいという営業上や社内の事情を優先したと分析した。
また、５月下旬の浸水量急増後、浸水を知らせるセンサーを上部にズラしたのは、公式記録として残ることで関係当局に報告する事態になるのを避けるためとした。

今年８月、国交省がJR九州高速船を抜き打ち監査し一連の問題が発覚。
こうした行為は、船舶安全法などに抵触する可能性が高く、船舶の運航会社として安全意識がまったく欠落していると断罪した。

＜昨年の罰金刑の違反の浸水事件＞
２０２３年２月１１日には、ＪＲ九州高速船が経営する対外旅客定期航路事業において、運航する「ＱＵＥＥＮ ＢＥＥＴＬＥ」が、運航中、浸水警報装置が作動したため、翌１２日にダイバーの潜水により、船体のクラックを確認し、応急処置のうえ、同月１４日まで運航を継続させる事案が発生した。
国交省では、上記事業者からの報告を受け、海上運送法第２５条に基づく検査を実施したところ、当該クラックからの「船体浸水」を認識したことから、船舶安全法第５条第１項第３号に基づく「臨時検査の受検義務」が生じていたにもかかわらず、未受検の船舶を航行の用に供し、同法第１８条第１項第９号に該当したこと、また、事故報告体制が機能していなかったこと等を確認した。

国交省は対外旅客定期航路事業者に対し、海上運送法第２５条に基づく検査を実施した結果、船舶安全法等関係法令に違反する事実を確認し、今後、事業者において再発防止策が確実に実施され、輸送の安全の確保が図られるよう、引き続き、厳格に指導監督を行うとしていた。
２０２３年６月２３日、国交省から「輸送の安全の確保に関する命令」ほ受けた。
以上、

JR九州は、青柳－古宮体制が続いているが、ＪＲ九州高速船の昨年の浸水問題では罰金刑の行政処分も受けたにもかかわらず、JR九州として何もリリースしておらず、親会社として国交省の行政処分を軽く見て、看過したと受け止められても仕方ない。
ガバナンスどころか内部牽制制度もまったく機能していない。(JR九州高速船の現場関係者から親会社へ内部通報もないほど、JR九州には上意下達だけのド官僚体質が蔓延しているようだ)
昨年の問題は、時期は年度末、決算、株主総会を控えており、コトを荒立てたくないという配慮・忖度がJR九州上層部のド官僚たちに働いた可能性が高い。
その延長線上で今回、子会社のJR九州高速船が、問題を隠蔽した可能性もある。
結果、こうした企業体質を作った青柳－古宮体制も重大な責任があると思われる。ましてやJE九州本体には子会社を担当している取締役がいるはずだが、何のご沙汰もないようだ。

博多－釜山間では漂流木材や鯨等との衝突も過去のフェリー等でも発生し、運休していた。